Aminosyre

I biokemi bliver den kortere og mere generelle term aminosyre hyppigt anvendt om alfa-aminosyrer. En alfa-aminosyre er en aminosyre hvor amino- og carboxylsyregruppen er forbundet til samme carbonatom. Nogle molekyler som prolin indeholder ikke en amino gruppe og er derfor ikke kemisk set en aminosyre. Teknisk set er proline en iminosyre, men bliver også klassificeret som en aminosyre, fordi den har funktionelle ligheder med ægte aminosyrer i cellerr.

Alfa-aminosyrers generaliserede struktur er:

   COOH
   |
 H-C-R
   |
   NH2

Aminosyrer kan forekomme i to forskellige optiske isomerer kaldet D og L; L-aminosyrer repræsenterer langt størstedelen af aminosyrerne i proteiner. Aminosyren glycin har "R" lig med H, så den har ikke en optisk isomer. D-aminosyrer bliver kun fundet i proteiner produceret af eksotiske havorganismer, f.eks. enkelte snegle. Proteiner dannes ved polymerisation af aminosyrer som danner peptidbindinger til hinanden i en proces kaldet translation:

1. aminosyre; 2, zwitterion struktur; 3, to aminosyrer som sidder sammen via en peptidbinding (den fede streg).

20 aminosyrer er repræsenteret i den genetiske kode:

Sidekædernes kemiske egenskaber er:

Forkort.		Fulde navn	Sidekæde type	Masse	Isoelektrisk punkt	Bemærkninger
A	Ala	Alanin	hydrofob	89,09	6,11
C	Cys	Cystein	hydrofil	121,16	5,05	To cysteiner kan danne en disulfidbinding.
D	Asp	Asparaginsyre	syre	133,10	2,85
E	Glu	Glutaminsyre	syre	147,13	3,15
F	Phe	Phenylalanin	hydrofob	165,19	5,49	Essentiel
G	Gly	Glycin	hydrofil	75,07	6,06	Glycin er ikke optisk aktivt fordi der er to hydrogenatomer på α-carbonatomet.
H	His	Histidin	basisk	155,16	7,60	Essentiel for børn
I	Ile	Isoleucin	hydrofob	131,17	6,05	Essentiel
K	Lys	Lysin	basisk	146,19	9,60	Essentiel
L	Leu	Leucin	hydrofob	131,17	6,01	Essentiel
M	Met	Methionin	hydrofob	149,21	5,74	Essentiel
N	Asn	Asparagin	hydrofil	132,12	5,41
P	Pro	Prolin	hydrofob	115,13	6,30	Kan bryde proteinfoldingsstrukterer som α helix; eller β sheet;.
Q	Gln	Glutamin	hydrofil	146,15	5,65
R	Arg	Arginin	basisk	174,20	10,76	Essentiel
S	Ser	Serine	hydrofil	105,09	5,68
T	Thr	Threonin	hydrofil	119,12	5,60	Essentiel
V	Val	Valin	hydrofob	117,15	6,00	Essentiel
W	Trp	Tryptophan	hydrofob	204,23	5,89	Essentiel
Y	Tyr	Tyrosin	hydrofil	181,19	5,64

Amino Syre	hydrofob	positive	negative	polær	ladet	lille	småt	aromatisk	alifatisk	van der Waals-volumen
Ala	X	-	-	-	-	X	X	-	-	67
Cys	X	-	-	-	-	X	-	-	-	86
Asp	-	-	X	X	X	X	-	-	-	91
Glu	-	-	X	X	X	-	-	-	-	109
Phe	X	-	-	-	-	-	-	X	-	135
Gly	X	-	-	-	-	X	X	-	-	48
His	X	X	-	X	X	-	-	X	-	118
Lys	X	X	-	X	X	-	-	-	-	135
Ile	X	-	-	-	-	-	-	-	X	124
Leu	X	-	-	-	-	-	-	-	X	124
Met	X	-	-	-	-	-	-	-	-	124
Asn	-	-	-	X	-	X	-	-	-	96
Pro	-	-	-	-	-	X	-	-	-	90
Gln	-	-	-	X	-	-	-	-	-	114
Arg	-	X	-	X	X	-	-	-	-	148
Ser	-	-	-	X	-	X	X	-	-	73
Thr	X	-	-	X	-	X	-	-	-	93
Val	X	-	-	-	-	X	-	-	X	105
Trp	X	-	-	X	-	-	-	X	-	163
Tyr	X	-	-	X	-	-	-	X	-	141

Eksterne adresser

• BioSite: Aminosyrer
• Extremophiles Bioprospecting for antimicrobials, Dr Sarah Maloney Citat: "...Ground breaking research on extremophiles continues to this day, with the recently discovered 22nd genetically encoded amino acid – pyrrolysine – from the archaeon, Methanosarcina barkeri, (Hao et al., 2002; Srinivasan et al., 2002)...."
• New Amino Acid Debuts
• Joseph A. Krzycki Citat: "...But about 25 years ago, an additional, twenty-first, amino acid called selenocysteine, was discovered to be in some genes to be genetically encoded. The demonstration that pyrrolysine corresponds to a UAG codon in some genes..."
• Side-by-Side Images of Amino Acids
• The 22nd Amino Acid, John F. Atkins and Ray Gesteland
• Newswise: 22nd Amino Acid Discovered: Comment from U of Utah Citat: "...Gesteland said discovery of the 22nd genetically encoded amino acid raises the bigger question of how life's genetic code is reprogrammed to do new things, and also suggests "there may be other surprises out there. Are there yet other amino acids?"..."

Denne artikel er fra Wikipedia. Læs artiklen hos Wikipedia.